La gestion de l’arrêt de travail d’un salarié peut vite ressembler à un parcours du combattant pour un dirigeant de TPE/PME. Délais à respecter, démarches en cas d’accident du travail, DSN événementielle : pour vous aider, macompta.fr décrypte chaque étape et vous donne la feuille de route pour gérer vos obligations d’employeur, sans stress et sans erreur.
En résumé :
- À la réception du certificat médical, l’employeur doit déclarer l’arrêt de travail du salarié sous cinq jours.
- La déclaration de l’arrêt de travail initial se fait obligatoirement via une DSN événementielle.
- Pour une prolongation, sans reprise de travail, la déclaration se fait lors de la DSN mensuelle.
- En cas d’accident du travail avec arrêt de travail consécutif, l’employeur doit transmettre une déclaration d’accident du travail (DAT) sous 48h ainsi qu’une DSN événementielle.
Arrêt de travail initial et prolongation : quelles démarches pour l’employeur ?
La gestion d’un arrêt de travail par l’employeur obéit à une procédure différente en fonction de la nature de l’arrêt : arrêt initial ou prolongation. Dans le second cas, les démarches sont simplifiées. L’avis d’arrêt de travail du médecin indique si il s’agit d’un arrêt initial ou d’une prolongation. Cette information doit être vérifiée par le chef d’entreprise.
Pour l’arrêt de travail initial : une déclaration obligatoire
À la réception du certificat médical transmis par votre salarié, vous avez l’obligation de déclarer l’arrêt de travail à l’Assurance maladie. Cette démarche s’effectue obligatoirement via une DSN événementielle « arrêt de travail ». Vous devez la réaliser dans un délai de 5 jours, soit depuis votre logiciel de paie compatible DSN, soit sur le site net-entreprise.fr.
Elle est indispensable pour déclencher le calcul et le versement des indemnités journalières (IJSS) du salarié.
Pour une prolongation d’arrêt de travail : une gestion simplifiée
Dans le cas d’une prolongation d’arrêt de travail sans reprise d’activité (arrêt de travail continu), la procédure est allégée.
Aucune nouvelle DSN événementielle ne doit être émise. Le signalement de l’arrêt initial couvre l’intégralité de la période d’absence, prolongations incluses, afin d’éviter les déclarations redondantes et les risques d’erreur de traitement par la CPAM. Les dates de prolongation de l’arrêt doivent simplement être saisies dans le logiciel de paie afin d’être prises en compte dans le bulletin de paie et en DSN mensuelle.
Bon à savoir : si votre salarié reprend le travail, même pour une courte durée, avant d’être de nouveau arrêté pour le même motif, il ne s’agit pas d’une prolongation, mais d’une rechute. Ce cas de figure exige l’émission d’une nouvelle DSN événementielle.
Indemnités et maintien de salaire : qui paye quoi ?
Durant son arrêt de travail, la rémunération du salarié vient de deux sources : les indemnités versées par la Sécurité sociale et le complément obligatoire versé par l’employeur.
- Les indemnités journalières de la Sécurité sociale (IJSS) : versées par la CPAM après un délai de carence de trois jours (hors accident du travail ou maladie professionnelle), elles compensent une partie de la perte de revenus.
- Le maintien de salaire par l’employeur : vous avez l’obligation légale de verser une indemnité complémentaire à ces IJSS. Cette obligation, définie par l’article L1226-1 du Code du travail, s’applique à tous les salariés ayant au moins un an d’ancienneté et débute après un délai de carence légal de sept jours.
Attention, les dispositifs du Code du travail ne représentent qu’un socle minimum. Il est impératif de consulter votre convention collective et votre accord d’entreprise, ceux-ci prévoient très souvent des conditions plus favorables pour le salarié. Il peut s’agir, par exemple, de :
- La réduction ou la suppression du délai de carence de sept jours ;
- Un pourcentage d’indemnisation plus élevé (par exemple un maintien à 100 % du salaire net) ;
- Ou encore, une durée d’indemnisation plus longue.
Bon à savoir : un contrat de prévoyance collectif peut couvrir ce risque. L’assureur vous remboursera tout ou partie du maintien de salaire fait au salarié. Lors du choix du contrat, assurez-vous que le niveau de garanties correspond, au minimum, aux exigences de votre convention collective ou de l’accord d’entreprise. Il convient également de vérifier les délais de franchise prévu au contrat. Même en présence d’un contrat de prévoyance, l’employeur supporte généralement les charges patronales sur le maintien de salaire.
Zoom sur le dernier jour travaillé (DJT)
La date du dernier jour travaillé est la date utilisée par l’assurance maladie pour calculer les indemnités journalières de votre salarié. Il est essentiel de ne pas vous tromper.
- En règle générale, le DJT est la veille du premier jour d’arrêt de travail prescrit, à condition que le salarié ait effectivement travaillé ce jour.
- Cas d’un arrêt débutant le lundi : le DJT à déclarer est la aussi la veille de l’arrêt, soit le dimanche, à condition que le salarié ait travaillé le vendredi (pour une semaine de travail du lundi au vendredi).
- Cas d’un arrêt débutant un jour où le salarié a travaillé (même partiellement) : le DJT correspond au jour ou débute la prescription.
- Cas d’un accident du travail : le DJT est toujours le jour même de l’accident.
- Cas de plusieurs arrêts successifs : le DJT est celui de l’arrêt initial.
Accident du travail et maladie professionnelle : des obligations renforcées pour l’employeur
En cas d’arrêt de travail d’origine professionnelle, accident du travail (AT) ou maladie professionnelle (MP), la protection de votre salarié est accrue et vos obligations sont spécifiques. L’arrêt de travail établi par le médecin indique l’origine professionnelle de l’arrêt.
L’accident du travail : une réactivité obligatoire
Si un accident survient au sein de votre entreprise ou sur le trajet domicile-travail, vous devez effectuer une double démarche :
- Déclarer l’accident sous 48 heures (dimanche et jours fériés non compris) à partir du moment où vous en avez connaissance. Cette déclaration d’accident du travail (DAT) se fait en ligne sur le portail net-entreprises.fr ou en adressant, par lettre recommandée, la déclaration d’accident du travail ou de trajet à la CPAM.
- Signaler l’arrêt de travail qui en résulte via une DSN événementielle en mentionnant « accident du travail » pour déclencher une indemnisation sans délai de carence pour votre salarié.
La maladie professionnelle
Pour une maladie professionnelle, c’est le salarié qui initie la procédure de reconnaissance auprès de la CPAM.
Votre obligation consiste donc à gérer l’arrêt de travail initial sans attendre : dès réception du premier certificat, vous devez déclarer cette absence via une DSN événementielle pour « maladie ». Vous devez également répondre à toute demande de la CPAM durant la phase d’instruction (questionnaire, visite de l’entreprise, étude du poste…).
Si l’origine professionnelle est reconnue, la CPAM se chargera d’ajuster les droits du salarié concerné. L’employeur n’a pas besoin de refaire de DSN évènementielle, mais si le salarié est toujours en arrêt, il devra saisir une absence avec motif « maladie professionnelle » pour que cela soit déclaré dans les DSN mensuelles.
Bon à savoir : Si la maladie est déjà reconnue comme professionnelle au moment de l’arrêt l’employeur devra faire une DSN évènementielle en sélectionnant le motif maladie professionnelle
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Contrôle, reprise du travail et sanctions : comment sécuriser la procédure ?
La gestion d’un arrêt de travail par l’employeur ne s’arrête pas aux déclarations initiales. Le suivi de l’absence et le retour du salarié sont des démarches légalement encadrées.
La contre-visite médicale
En contrepartie du maintien de salaire, vous pouvez mandater un médecin pour une contre-visite au domicile du salarié. Si ce dernier est absent ou refuse la contre-visite, vous êtes en droit de suspendre le paiement des indemnités complémentaires. Si l’arrêt n’est pas justifié, votre salarié doit reprendre le travail (art. L315-1 du Code de la Sécurité sociale).
La visite de reprise
L’organisation d’une visite médicale de reprise auprès de la médecine du travail est obligatoire dans les 8 jours suivant le retour du salarié, notamment après :
- Un congé maternité ;
- Une absence pour maladie professionnelle ;
- Une absence d’au moins 60 jours pour maladie ou accident non professionnels.
Son objectif est de s’assurer de l’aptitude de votre salarié à reprendre son poste et d’évaluer d’éventuels aménagements.
Les risques en cas de manquement
Tout manquement à vos obligations déclaratives vous expose à des sanctions.
Un retard dans la transmission de la DSN événementielle peut entraîner l’application de pénalités financières (art. R243-12 du Code de la Sécurité sociale).
De plus, si votre négligence cause un préjudice à votre salarié, notamment en retardant le versement de ses indemnités journalières, celui-ci est en droit de saisir le conseil de prud’hommes pour réclamer des dommages et intérêts.
Simplifiez la gestion de vos arrêts de travail avec macompta.fr
Une erreur dans la gestion des arrêts de travail de vos salariés peut rapidement coûter cher en temps et en pénalités. Le logiciel de paie et DSN macompta.fr est justement conçu pour sécuriser ces démarches. D’une prise en main facile et rapide, il vous guide pour :
- Générer la DSN événementielle adéquate pour un arrêt initial, et ce, en quelques clics ;
- Éviter les déclarations erronées en cas de prolongation ;
- Assurer le suivi des absences et garantir une paie juste et conforme.






